1956 yılında Onüç dergisinde yayınlanan Üç Bilinmeyenli Eşitsizlik Sistemleri adlı öyküsünde "komünizm propagandası yaptığı" gerekçesiyle yargılandı, 1961 yılında 18 ay hapis ve 8 ay Konya'ya sürgün cezasına çarptırıldı.

Öyküden ceza almasına neden olan paragraf:"İğrenerek baktı -iyice iğrenememişti-.Yüzü daha bir buruştu. Yapmacıklı bir sinirle "Siz böylesiniz işte"dedi."En iyiniz bile böyle. Kendi çıkarlarınız için neler yapmazsınız. İşçiymiş. Basit bir işçiymiş -seyircilerin durumlarını da görmek istiyordu- ben bir işçiyim. Beni basit görmezsin değil mi? İşine yararım. Keyfini getiririm; doğru değil mi söylediklerim-söyledikleri doğruydu. Birinci şahıs doğru demiyordu-. Ah domuzlar sizi. Bir gün hepinizin topunuzu attıracaklar ya; dur bakalım ne zaman."

İlk kez hapse giren Yılmaz Güney, hayatının muhakemesini yapar, kendini yeniler ve düşünsel yapısını geliştirir. Kendisine bir misyon biçer, bunu nasıl gerçekleştireceğinin hesaplarını yapar.

1963 yılında yeniden sinemaya dönerek, küçük şirketlerin aceleye getirilmiş, sıradan serüven filmlerinde rol aldı. Zaman zaman bu filmlerin senaryo yazımından çekimine kadar tüm aşamalarına katıldı. Kabadayılık ve kavganın ağırlıkta olduğu bu filmlerde canlandırdığı ezilen, itilen, ama yazgısını kabul etmeyen; baskı ve kötülüğe karşı tek başına direnip mücadele eden ''Dürüst Anadolu Çocuğu'' tipiyle büyük ün kazandı. Özellikle, bu tiplerle kolayca özdeşleşen Anadolu izleyicisi tarafından çok tutuldu ve aranan bir aktör olarak kendini kabul ettirdi.

Filmlerinden birinin de adı olan "Çirkin Kral" adıyla anılmaya başladığı bu dönemde, öyküsû kendisine ait olan, Lütfü Akad'ın ''Hudutların Kanunu'' filmindeki sade, abartısız oyunuyla Türk sinemasında yeni bir oyuncu tipini yarattı. Umulmadık ölçüde gelişen "Çirkin Kral" efsanesi, olumlu tiplerin "güzel'' ve "yakışıklı'' oyunculara, olumsuz ve kötü tiplerin de "çirkin'' oyunculara oynatıldığı Yeşilçam sistemini sarsıyor; Yılmaz Güney'le birlikte inandırıcı bir tiplemenin yanı sıra, yapmacıksız, doğal oyuncuIuk tarzı gelişiyordu.

Bu dönemde çektiği "Umut", Yılmaz Güney sinemasında "bir dönemi kapayıp yepyeni bir dönem açarken" aynı zamanda Türk sinema tarihinin de baş yapıtları arasında yer aldı. Türkiye'nin 12 Mart askeri darbesini yaşadığı 1972 yılında siyasal olaylara karıştığı gerekçesiyle tutuklandı ve iki yılı aşan bir tutukluluk döneminin ardından 1974'te, gene büyük bir ilgiyle karşılanan "Arkadaş"ı çekti. Aynı yıl Adana'da "Endişe" filmini çekerken, karıştığı bir olay sırasında, bir yargıcı vurarak öldürmesi üzerine 19 yıl hapis cezasına mahkûm oldu.

Cezaevindeyken sinemayla olan ilişkisini, ince ayrıntılarına kadar yazıp oluşturduğu senaryolarla sürdürdü. Bunlardan, Zeki Ökten tarafından yönetilen "Sürü", yurt içinde ve dışında çok sayıda ödül kazandı. ''Düşman'' yine Zeki Ökten tarafından, ''Yol'' ise Şerif Gören tarafından çekildi.

Hapiste sürdürdüğü mücadelesi ve yazdığı yazılar nedeniyle hakkındaki cezalar 100 yıllık bir süreyi bulunca cezaevi'nden kaçan Yılmaz Güney, gizlice yurt dışına çıktı ve Paris'e yerleşti. Kurgusunu yeniden gerçekleştirdiği ''Yol'', 1982 Cannes Film Şenliği Büyük Ödülü'nü Costa Gavras'ın ''Missing'' (Kayıp) adlı filmiyle paylaştı. Yurda dönme çağrısına uymayınca 1983'te vatandaşlıktan çıkartıldı. Aynı yıl Fransa'da ''Le mur'' (Duvar) adlı son filmini çekti.

Bir sonraki yıl, 9 Eylül 1984'te yakalandığı amansız hastalıktan kurtulamayarak, düşlerindeki sayısız projesiyle birlikte aramızdan ayrıldı.